Quyền khiếu nại và khởi kiện đều là quyền của công dân khi có cơ sở cho rằng quyết định hành chính, hành vi hành chính của người, cơ quan có thẩm quyền là trái pháp luật xâm phạm trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức. Trên thực tế, không ít người vẫn hay nhầm lẫn giữa khiếu nại và khởi kiện hành chính cùng là một. Tuy nhiên, đây là hai phương thức hoàn toàn khác nhau được điều chỉnh bởi các luật khác nhau và được giải quyết theo trình tự, thủ tục khác nhau.

- Thứ nhất: Về căn cứ pháp lý
Đối với việc khiếu nại hành chính được quy định cụ thể trong Luật Khiếu nại năm 2011. Còn đối với khởi kiện hành chính được quy định trong Luật Tố tụng hành chính năm 2015.
- Thứ hai: Về khái niệm
Theo quy định tại khoản 1 Điều 2 Luật Khiếu nại 2011: Khiếu nại là việc công dân, cơ quan, tổ chức hoặc cán bộ, công chức theo thủ tục do Luật này quy định, đề nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xem xét lại quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan hành chính nhà nước, của người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính nhà nước hoặc quyết định kỷ luật cán bộ, công chức khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của mình.
Điều luật quy định về giải thích từ ngữ trong Luật Tố tụng hành chính 2015 không nêu khởi kiện hành chính là gì. Tuy nhiên, về bản chất của khởi kiện vụ án hành chính là việc cá nhân, cơ quan, tổ chức theo quy định của pháp luật tố tụng hành chính yêu cầu Tòa án có thẩm quyền giải quyết vụ án hành chính để bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình bị xâm phạm trực tiếp bởi các loại đối tượng hành chính trên (quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc, quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh…).
- Thứ ba: Về chủ thể
Chủ thể trong quy định của Luật Khiếu nại gồm: Người khiếu nại (là công dân, cơ quan, tổ chức, cán bộ, công chức có quyền khiếu nại); Người bị khiếu nại; Người giải quyết khiếu nại (Thủ trưởng cơ quan, tổ chức ban hành quyết định hành chính, hành vi hành chính); Người có quyền, nghĩa vụ liên quan.
Còn chủ thể theo quy định trong Luật Tố tụng hành chính năm 2015 quy định gồm: Người khởi kiện (cơ quan, tổ chức, cá nhân); Người bị kiện; Người giải quyết (Tòa án có thẩm quyền giải quyết cụ thể là Thẩm phán được Chánh án phân công giải quyết. Nếu vụ án đưa ra xét xử thì phải có Hội đồng xét xử gồm Thẩm phán và các Hội thẩm nhân nhân dân); Người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Như vậy sự khác nhau cơ bản về chủ thể trong khiếu nại và khởi kiện ở đây là: Trong khiếu nại, người bị khiếu nại chính là người giải quyết khiếu nại lần 1 là một người (đối với quyết định hành chính, quyết định kỷ luật cán bộ công chức). Còn trong khởi kiện: Người bị kiện là cơ quan, tổ chức, cá nhân có quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định buộc thôi việc, quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh, danh sách cử tri bị khởi kiện. Người giải quyết vụ án trong khởi kiện là Thẩm phán và các Hội thẩm nhân dân. Ở đây người bị kiện và người giải quyết trong khởi kiện là hai người hoàn toàn khác nhau. Đó là điểm khác nhau cơ bản về chủ thể với trong khiếu nại và khởi kiện.
- Thứ tư: Về đối tượng khiếu nại, khởi kiện
Đối tượng trong Khiếu nại hành chính gồm 03 đối tượng: Quyết định hành chính; Hành vi hành chính; Quyết định kỷ luật cán bộ, công chức (khoản 1 Điều 2 Luật Khiếu nại năm 2011).
Đối tượng trong khởi kiện vụ án hành chính gồm 05 đối tượng: Quyết định hành chính; Hành vi hành chính; Quyết định kỷ luật buộc thôi việc từ Tổng cục trưởng và tương đương trở xuống; Quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh; Khiếu kiện danh sách cử tri (Điều 30 Luật Tố tụng hành chính 2015).
Như vậy, đối tượng trong khởi kiện rộng hơn trong khiếu nại, trong khiếu nại chỉ có 3 đối tượng, còn trong khởi kiện là 05 đối tượng.
- Thứ năm: Về hình thức khiếu nại, khởi kiện
Trong Khiếu nại: Công dân có thể lựa chọn 1 trong 2 hình thức: Khiếu nại trực tiếp hoặc khiếu nại bằng đơn (theo Điều 8 Luật Khiếu nại 2011).
          Còn trong Khởi kiện vụ án hành chính công dân chỉ được 1 hình thức: Khởi kiện bằng đơn khởi kiện (Điều 117 Luật Tố tụng hành chính 2015). Người khởi kiện gửi đơn khởi kiện và tài liệu, chứng cứ kèm theo đến Tòa án có thẩm quyền giải quyết vụ án bằng một trong các phương thức sau đây: Nộp trực tiếp tại Tòa án, gửi qua dịch vụ bưu chính, gửi trực tuyến qua Cổng thông tin điện tử của Tòa án (nếu có).
Như vậy hình thức trong khiếu nại có 2 hình thức, tạo điều kiện thuận lợi cho công dân để lựa chọn phù hợp với mình.
- Thứ sáu: Về thời hiệu
Thời hiệu khiếu nại là 90 ngày, kể từ ngày nhận được quyết định hành chính hoặc biết được quyết định hành chính, hành vi hành chính (Điều 9 Luật Khiếu nại 2011). Trường hợp người khiếu nại không thực hiện được quyền khiếu nại theo đúng thời hiệu vì ốm đau, thiên tai, địch họa, đi công tác, học tập ở nơi xa hoặc vì những trở ngại khách quan khác mà có giấy tờ hợp lệ làm căn cứ để chứng minh, thì thời gian có trở ngại đó không tính vào thời hiệu khiếu nại.
Thời hiệu khời kiện: 01 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc. 30 ngày kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh. Từ ngày nhận được thông báo kết quả giải quyết khiếu nại của cơ quan lập danh sách cử tri hoặc kết thúc thời hạn giải quyết khiếu nại mà không nhận được thông báo kết quả giải quyết khiếu nại của cơ quan lập danh sách cử tri đến trước ngày bầu cử 05 ngày(khoản 2, 3 Điều 116 Luật Tố tụng hành chính 2015).
Như vậy thời hiệu khởi kiện đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc là 01 năm dài hơn so với trong khiếu nại chỉ có 90 ngày.
- Thứ bảy: Về thẩm quyền giải quyết
Giải quyết khiếu nại lần 01: Phụ thuộc vào chủ thể ban hành quyết định quyết định hành chính, hành vi hành chính. Giải quyết khiếu nại lần 02: Thủ trưởng cấp trên trực tiếp của người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần 01 (từ Điều 17 – Điều 26 Luật Khiếu nại 2011)
Khởi kiện: Tòa án có thẩm quyền giải quyết có thể là Tòa án cấp huyện hoặc cấp tỉnh phụ thuộc cấp ban hành quyết định hành chính, hành vi hành chính (Điều 31, 32 Luật Tố tụng hành chính 2015).
- Thứ tám: Các trường hợp không thụ lý giải quyết
Khiếu nại thuộc một trong các trường hợp sau đây không được thụ lý giải quyết (Điều 11 Luật Khiếu nại 2011):
1. Quyết định hành chính, hành vi hành chính trong nội bộ cơ quan nhà nước để chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ, công vụ; quyết định hành chính, hành vi hành chính trong chỉ đạo điều hành của cơ quan hành chính cấp trên với cơ quan hành chính cấp dưới; quyết định hành chính có chứa đựng các quy phạm pháp luật do cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền ban hành theo trình tự, thủ tục của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật; quyết định hành chính, hành vi hành chính thuộc phạm vi bí mật nhà nước trong các lĩnh vực quốc phòng, an ninh, ngoại giao theo danh mục do Chính phủ quy định;
2. Quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu nại không liên quan trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của người khiếu nại;
3. Người khiếu nại không có năng lực hành vi dân sự đầy đủ mà không có người đại diện hợp pháp;
4. Người đại diện không hợp pháp thực hiện khiếu nại;
5. Đơn khiếu nại không có chữ ký hoặc điểm chỉ của người khiếu nại;
6. Thời hiệu, thời hạn khiếu nại đã hết mà không có lý do chính đáng;
7. Khiếu nại đã có quyết định giải quyết khiếu nại lần hai;
8. Có văn bản thông báo đình chỉ việc giải quyết khiếu nại mà sau 30 ngày người khiếu nại không tiếp tục khiếu nại;
9. Việc khiếu nại đã được Tòa án thụ lý hoặc đã được giải quyết bằng bản án, quyết định của Toà án, trừ quyết định đình chỉ giải quyết vụ án hành chính của Tòa án.
Trong khởi kiện Thẩm phán trả lại đơn khởi kiện trong những trường hợp sau đây ( Khoản 1 Điều 123 Luật Tố tụng hành chính 2015) 
1. Người khởi kiện không có quyền khởi kiện;
2. Người khởi kiện không có năng lực hành vi tố tụng hành chính đầy đủ;
3. Trường hợp pháp luật có quy định về điều kiện khởi kiện nhưng người khởi kiện đã khởi kiện đến Tòa án khi còn thiếu một trong các điều kiện đó;
4. Sự việc đã được giải quyết bằng bản án hoặc quyết định của Tòa án đã có hiệu lực pháp luật;
5. Sự việc không thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án;
6. Người khởi kiện lựa chọn giải quyết vụ việc theo thủ tục giải quyết khiếu nại trong trường hợp quy định tại Điều 33 của Luật này (đó là người khởi kiện lựa chọn giải quyết bằng khiếu nại trong trường hợp vừa có đơn khiếu nại, vừa có đơn khiếu kiện).
7. Đơn khởi kiện không có đủ nội dung quy định tại Khoản 1, Điều 118 của Luật này mà không được người khởi kiện sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Điều 122 của Luật này;
8. Hết thời hạn được thông báo quy định tại Khoản 1 Điều 125 của Luật này mà người khởi kiện không xuất trình biên lai nộp tiền tạm ứng án phí cho Tòa án, trừ trường hợp người khởi kiện được miễn nộp tiền tạm ứng án phí, không phải nộp tiền tạm ứng án phí hoặc có lý do chính đáng.
- Thứ chín là: Thời hạn giải quyết
Thời hạn giải quyết khiếu nại lần 1: Không quá 30 ngày, kể từ ngày thụ lý; không quá 45 ngày đối với vụ, việc phức tạp. Ở vùng sâu xa, vùng đi lại khó khăn không quá 45 ngày, kể từ ngày thụ lý; đối với vụ việc phức tạp không quá 60 ngày, kể từ ngày thụ lý. (Điều 28 Luật Khiếu nại 2011)
Thời hạn giải quyết khiếu nại lần 2: Không quá 45 ngày, kể từ ngày thụ lý; đối với vụ việc phức tạp không quá 60 ngày. Ở vùng sâu, vùng xa đi lại khó khăn không quá 60 ngày, kể từ ngày thụ lý; đối với vụ việc phức tạp không quá 70 ngày (Điều 37 Luật Khiếu nại 2011).
Đối với vụ án sơ thẩm:Thời hạn chuẩn bị xét xử các vụ án, trừ vụ án xét xử theo thủ tục rút gọn, vụ án có yếu tố nước ngoài và vụ án khiếu kiện về danh sách cử tri được quy định như sau: 04 tháng kể từ ngày thụ lý vụ án đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc.
02 tháng kể từ ngày thụ lý vụ án đối với quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định giải quyết vụ việc cạnh tranh.
Đối với khiếu kiện danh sách cử tri: Trong thời hạn 02 ngày kể từ ngày ra quyết định đưa vụ án ra xét xử, Tòa án phải mở phiên tòa xét xử. (Điều 130 Luật Tố tụng hành chính 2015).
Đối với vụ án phúc thẩm: Trừ vụ án xét xử phúc thẩm theo thủ tục rút gọn hoặc vụ án có yếu tố nước ngoài, thời hạn chuẩn bị xét xử phúc thẩm được quy định như sau: Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thụ lý vụ án, Thẩm phán được phân công làm Chủ tọa phiên tòa phải ra một trong các quyết định sau đây: Tạm đình chỉ xét xử phúc thẩm vụ án; Đình chỉ xét xử phúc thẩm vụ án; Đưa vụ án ra xét xử phúc thẩm; Đối với vụ án có tính chất phức tạp hoặc do trở ngại khách quan thì Chánh án Tòa án cấp phúc thẩm có thể quyết định kéo dài thời hạn chuẩn bị xét xử quy định tại khoản 1 Điều này, nhưng không được quá 30 ngày.Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày có quyết định đưa vụ án ra xét xử, Tòa án phải mở phiên tòa phúc thẩm; trường hợp có lý do chính đáng thì thời hạn này là 60 ngày ( Điều 221 Luật Tố tụng hành chính 2015).
Như vậy về thời hạn trong giải quyết vụ án hành chính dài hơn. Cụ thể trong vụ án sơ thẩm thời hạn chuẩn bị xét xử là 4 tháng, còn trong giải quyết khiếu nại lần 1 thời hạn giải quyết là 30-45-60 ngày tùy từng vụ việc cụ thể.
- Thứ mười là: Về đình chỉ giải quyết
Khi người khiếu nại rút đơn khiếu nại ( Điều 10 Luật Khiếu nại 2011)
Tòa án quyết định đình chỉ giải quyết vụ án trong các trường hợp: (Điều 143 Luật Tố tụng hành chính 2015)
1. Người khởi kiện là cá nhân đã chết mà quyền, nghĩa vụ của họ không được thừa kế; cơ quan, tổ chức đã giải thể hoặc tuyên bố phá sản mà không có cơ quan, tổ chức, cá nhân kế thừa quyền, nghĩa vụ tố tụng;
2. Người khởi kiện rút đơn khởi kiện trong trường hợp không có yêu cầu độc lập của người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Trường hợp có yêu cầu độc lập của người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan mà người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan vẫn giữ nguyên yêu cầu độc lập của mình thì Tòa án ra quyết định đình chỉ giải quyết vụ án đối với yêu cầu của người khởi kiện đã rút;
3. Người khởi kiện rút đơn khởi kiện, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan rút đơn yêu cầu độc lập;
4. Người khởi kiện không nộp tạm ứng chi phí định giá tài sản và chi phí tố tụng khác theo quy định của pháp luật.
Trường hợp người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan có yêu cầu độc lập mà không nộp tiền tạm ứng chi phí định giá tài sản và chi phí tố tụng khác theo quy định của Luật này thì Tòa án đình chỉ việc giải quyết yêu cầu độc lập của họ;
5. Người khởi kiện đã được triệu tập hợp lệ lần thứ hai mà vẫn vắng mặt trừ trường hợp họ đề nghị Tòa án xét xử vắng mặt hoặc trường hợp có sự kiện bất khả kháng, trở ngại khách quan;
6. Người bị kiện hủy bỏ quyết định hành chính, quyết định kỷ luật buộc thôi việc, quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh hoặc chấm dứt hành vi hành chính bị khởi kiện và người khởi kiện và người khởi kiện đồng ý rút đơn khởi kiện, người, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan có yêu cầu độc lập đồng ý rút yêu cầu.
7) Thời hiệu khởi kiện đã hết;
8) Các trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 123 của Luật TTHC mà Tòa án đã thụ lý.
Như vậy căn cứ đình chỉ trong vụ án hành chính rộng hơn rất nhiều so với trong khiếu nại, trong khiếu nại chỉ có 1 trường hợp được đình chỉ đó là khi người khiếu nại có đơn xin rút khiếu nại. Còn trong khởi kiện vụ án hành chính, đình chỉ vụ án trong 8 trường hợp cụ thể trên.
- Thứ mười một: Về tạm đình chỉ
Trong Khiếu nại hành chính không quy định vấn đề tạm đình chỉ.
Tạm đình chỉ trong khởi kiện vụ án hành chính được quy định cụ thể tại Điều 141 Luật Tố tụng hành chính năm 2015.
Tòa án quyết định tạm đình chỉ giải quyết vụ án khi thuộc một các trường hợp sau:
Đương sự là cá nhân đã chết, cơ quan, tổ chức đã giải thể hoặc tuyên bố phá sản mà chưa có cá nhân, cơ quan, tổ chức kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng.
Đương sự là người mất năng lực hành vi dân sự, người chưa thành niên mà chưa xác định được người đại diện theo pháp luật.
Đã hết thời hạn chuẩn bị xét xử mà một trong các đương sự không thể có mặt vì lý do chính đáng, trừ trường hợp có thể xét xử vắng mặt đương sự.
Cần đợi kết quả giải quyết của cơ quan khác hoặc kết quả giải quyết vụ việc khác có liên quan.
Cần đợi kết quả giám định bổ sung, giám định lại, cần đợi kết quả thực hiện ủy thác tư pháp, ủy thác thu thập chứng cứ hoặc đợi các cơ quan, tổ chức cung cấp tài liệu, chứng cứ theo yêu cầu của Tòa án mới giải quyết được vụ án.
Cần đợi kết quả xử lý văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến việc giải quyết vụ án có dấu hiệu trái với Hiến pháp, luật, văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan nhà nước cấp trên mà Tòa án đã có văn bản kiến nghị với cơ quan có thẩm quyền xem xét sửa đổi, bổ sung hoặc bãi bỏ văn bản đó.
Như vậy, vấn đề tạm đình chỉ trong khởi kiện vụ án hành chính quy định cụ thể hơn, còn trong khiếu nại không quy định về việc tạm đình chỉ giải quyết vụ việc.